专业合作社的理事成员只有5至7人，入社会员少，带动农户少，有的还存在农户的自产自销，未能在全镇或全县范围内辐射。导致农民专业合作社自身经济实力较弱，竞争力不强。多数农民专业合作社再生产资金和流动资金不足。未形成规模化经营的实力。
（二）成员文化程度低，创新能力不强
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农民专业合作社的法定代表人以及理事会、监事会成员，大多数只具有高中及以下文化程度，他们大多数只是农村中种养殖积极性较高的农民，对市场经济知识缺乏了解，还有极强的小农意识，存在一家一户独打单干的现象，创新和发展的能力较弱。
（三）经营制度不规范、不完善
一是《合作社章程》的建立和执行不规范。多数依照农业部示范章程建立，流于形式，合作社成员对章程内容不理解，有的合作社写一套做一套。二是组织机构不健全，即便有也流于形式，没有切实履行章程规定的职责，没有按章程规定正常开展活动，合作社成立之后基本处于松散状态。有的合作社在决策权上有家长式作风，没有体现决策民主，农户利益得不到有效地保障。三是财务制度不健全。多数专业合作社未建立财务管理制度，甚至有的连基本账目都没有。
（四）缺乏管理和技术型人才
目前合作社的牵头人，大多数使一些农村致富能手和专业户，多属于传统农民，学历不高，缺乏专业知识。而且，由于农业是若是产业，许多专业和技术人才并不愿意投身合作社，因此缺乏专门的管理人才和技术骨干。此外农民专业合作社在技术上也存在着不少制约，由于缺乏相应的技术指导，大部分合作社没有能力实施标准化生产，直接影响到市场竞争能力的提高，制约了合作社的发展。
（五）流于形式，盲目注册
由于《农民专业合作社法》出台后，国家有关部门对农民专业合作社的扶持政策陆续出台，对创办农民专业合作社提供了各种优惠政策和奖励措施。受此影响，有些合作组织为了追求经济利益，借农户之名，申办农民专业合作社，待核准后，热衷于向上级有关部门申请项目补助和奖励，而把合作社真正的经营流于形式，造成各地合作社一哄而起，争相成立。
（六）政策扶持力度小，积极性不高
政府相关部门对农民专业合作社的政策扶持力度小，或者扶持资金迟迟未能落实到位，极大地挫伤了农民的积极性，很多专业合作社因此也形同虚设，在实际运作中，也只是少数几个人在组织经营，或者根本没有运行，专业合作社政策、市场、农民三方纽带的作用得不到发挥。
三、引导发展农民专业合作社的建议
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