如W）。对一台标准的三转子恩尼格玛机来说，上述涉及可多次9次改变的转码过程看起来很麻烦，但这个过程的实际发生可以说是在瞬间完成的。必须注意，对于每一次新字母的键入来说，转动哪怕一个转子，都会为每个新字母添加一整套新的电流回路。
请注意，如果在恩尼格玛机E键入一个字母（例如B），任何其他字母（例如T）都可能被点亮。如果继续键入B。亮灯键盘可能点亮P、F、O、J、C……但绝不会点亮B。亮灯序列在169万（26×25×26）次键入后才会重复，也就是在恩尼格玛机内部机械回到最初的位置时。为避免重复，电文长度被限制在250个字母。
在恩尼格玛机的基本设置中，以5个转子备选为例，转子排序一共有60种（5×4×3）。对每一种转子排序来说，内圈设置有17576（26×26x26）种。如果有6个未连线插座，那么插座配对方式超过150万亿种。这样一来，恩尼格玛机每天的可能设置方式（密钥）多得难以计数。但恩尼格玛机并非完美，它实际上就是一种高级交换机。所有相同类型的恩尼格玛机如果以相同方式设置，那么均产生相同的交换。在任何设置下，如果键入B而最终亮灯T，那么键入T一定会亮灯B。
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尽管一个加密员自己就可能完成所有加密程序，但这个过程繁重而容易出错。通常情况下，加密需要两人来完成。一号加密员查看信号文本，比如以P开头。键入P可能会亮灯M，二号加密员则把这一转换记录下来。一直记录到文本的最后一个字母。接着，由发报员传输生成的加密信号。然而，第一步是设置恩尼格玛机。
每个月，恩尼格玛机操作指令都会规定对每天或更加频繁的多个变量的改变。一个典型的当天“密钥”给予加密员的指令，是加密程序的前三步：
（1）转子顺序：选择将被使用的3只转子及其排列顺序。例如153：（2）左中右转子的内圈设置，例如062024（对应字母FTX）。（3）插接板交联设置，例如UA连接或PF连接。加密员照此设置他的恩尼格玛机。在1940年4月末之前，加密员接着进行以下步骤：（1）转动3个转子到随机选择的一个位置。这就是“指示器”代码设置，例如JCM（2）两次键入他自己随机选择的文本（讯息）设置代码，例如BGZBGZ。加密后，得到“指示器”，例如TNUFDQ（3）他把子设定为BGZ，键入讯息（电文）明文，一个接一个字母得到加密电文。发出的电文包括4个元素，如下：
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（1）明文传输的电报报头，包括呼号、始点时间、电文字母数，之后是密码员自己选择的指示器设置代码，例r