每条信息都有自己的秘密转子设定，由电报员自己设置。首先，电报员必须随机选择3个字母，并且把它们非加密发给接收端的收报员，让收报员同样连接其恩尼格玛机。接着，发报员必须把自己加密所用的真实信息设置条件告知收报员，但不能让拦截者读懂这些设置条件。为此，德军使用恩尼格玛机自身来隐藏这些信息设置。
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于是，发报员加密第二组3个字母，作为机密信息本身的设置。例如，发报员想到的字母是SWJ，当其键入这3个字母时，亮灯键盘上点亮的是ITV。由于德军担心无线电传输的安全性，因此他们要求发报员键入信息设置两次。这样，发报员就键入SWJSWJ，并记录亮灯键盘上点亮的6个键。事实上，这是一个严重错误密码学中很忌讳重复。信息设置的重复，让译码员得到了一条有助于破解密码的线索。通过加密相同字母串两次，德军就在不经意中间接暴露了恩尼格玛机的转子设置。
很快又有了第二条线索。波兰人注意到了恩尼格玛机转子工作方式中的一个特点。在截获密电中的大约18，恩尼格玛机将信息设置中的一个字母两次转换成同样的加密字母。两次发送信息设置这一错误，暴露了恩尼格玛机的一个弱点。信息设置的目的是要产生随机加密字母，但在一些特定条件下，恩尼格玛机的加密远远没有德军所相信的那么随机。其实，像恩尼格玛机这样的确定型加密机，不可能产生真正的随机序列。
正是这个错误让恩尼格玛机露出了马脚。布莱切利园称这些重复字母为“雌性”。恩尼格玛机只在一定的设置条件下才能产生“雌性”。如果译码员从这些“雌性”突破，就能找到当天的信息设置。译码员们制作了大量大卡片，卡片上以字母表格方式打出空洞，模拟能产生“雌性”的转子位置。通过彼此重叠这些卡片，译码员就可能从转子位置排列中找到恩尼格玛机当天的转子设置。当然，这样的解码工作非常繁重，常常需要多人通宵达旦合作。
到了1941年春，地中海海战升级。希特勒当时已经与意大利法西斯主义头目墨索里尼媾和。这两大魔头梦想建立全球帝国。盟军知道德国人把恩尼格玛机给了意大利人。在尝试破译意大利密电的英国译码员中，有一位是19岁的列弗。有时，他要花整夜时间来假定三只不同转子上的字母排列顺序。列弗最终破译了一份意大利电文：“今天零下3度。”仅此而已。列弗等人由此得出意大利海军将在3天后行动。但意大利人为什么会用这样的电文来传递这个信息？没有答案。
当时，由康宁汉姆指挥的英军舰队驻扎在埃及的亚历山大r