现在香港上市，境内蓝天公司进行了这样的重组安排。原先，蓝天公司的股东是直接控股蓝天公司的。通过重组，蓝天公司的股东通过直接控股香港B公司，香港B公司直接控股开曼A公司，开曼A公司直接控股境内蓝天公司的形式，蓝天公司股东变直接控股蓝天公司为通过境外两层特别目的公司间接控股境内蓝天公司。
这里，不考虑实际管理机构所在地，A公司是注册在开曼的非居民企业，其转让境内蓝天公司股权给美国的M公司，属于非居民企业转让中国居民企业的股权，符合698号文
第一条的规定，应按698号文规定处理。但是，我们需要注意到，虽然开曼公司是在境外注册的，但其实际控股股东是境内蓝天公司的股东，如果A公司符合82号文所列的四个条件，被判定为实际管理机构在中国境内的话，则A公司就是中国居民企业了。此时，A公司转让蓝天公司的股权就变为中国境内两个居民企业之间的股权转让行为了，这里就不应再适用698号文的相关规定。
目前，中国境内公司以各种形式赴境外上市中就涉及到境外成立多层特别目的公司作为中间控股公司的情况，由此带来的股权转让行为也很多。在判定股权转让相关纳税事宜时，境内公司在参考698号文的同时，应特别关注82号文对于境外注册中资控股企业居民身份认定的规定对股权转让税收事宜的影响。
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f第二，698号文规范的是非居民企业转让境内非上市居民企业的股权，非居民企业在公开的证券市场上买入并卖出中国居民企业的股票不在698号文规范的范围内。比如，境外非居民企业通过上海、深圳证券交易所转让境内上市公司B股的行为就属于这种情况。
二、股东留存收益不能在转让中扣除698号文明确规定，非居民企业转让境内居民企业股权的应纳税所得额股权转让价－股权成本价。股权转让价是指股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货币资产或者权益等形式的金额。如被持股企业有未分配利润或税后提存的各项基金等，股权转让人随股权一并转让该股东留存收益权的金额，不得从股权转让价中扣除。在股权转让价的确认中，最值得大家关注的是，698号文首次在文件中明确了在确认股权转让价时，随股权一并转让该股东留存收益权的金额，不得从股权转让价中扣除，这是一个重大的政策变化点。在原先的国家税务总局印发《关于外商投资企业合并、分立、股权重组、资产转让等重组业务所得税处理的暂行规定》的通知第三条第一款中曾明确规定：股权转让价是指，股权转让人就转让的股权所收取的包括现金、非货r