原创原创从零开始学GMX
学习gromacs快一个月了，感觉成长了很多，一个月前还是茫然不知所措，现在已经基本掌握了些通用步骤。感谢分子模拟论坛在这个过程中给予我的巨大帮助！可以说，没有你们就没有我的今天！（虽然我今天才刚刚能算入门）。所以，我要履行我心中的承诺，也要将我的心得详细地写下来，帮助更多的人征服入门时的恐惧和烦恼！下面我推荐从0开始的朋友们三把有力武器：tutor，flowchart，别人的心得和总结。1tutor（或叫实例，教程，随便吧）就是Gromacs目录的sharehtmlo
li
e中的Getti
gStarted：没有安装也可以使用，在安装文件的压缩包里，也有同样的文件。就跟着它学，依样画葫芦，马上就能找到一些感觉了。但我学这个的时候就出现了问题，一是输入demo却不能打开那个demo。后来懂点li
ux的师兄弄好了。好像是和编译有关吧。不过没关系，我看了以后觉得和直接用文本打开demo的效果差不多，只是一个在终端（termi
al）上显示，你不用输任何命令，只要按“E
ter”就能让计算机进行模拟。而要在终端上显示的内容其实就是文本上的（中间那些代码不用管的）。在“water”这部分的实例中，它只用“v”的命令，看了命令说明就知道这个命令只是让程序运行过程的说明更加详细，而并没有让计算机进行任何的模拟。此外，
gmx也是个问题。很多人都不能使用这个命令。两个解决办法：（1）安装libX11dev。（2）用VMD替代rasol用“sudoaptgeti
stallrasmol”安装，xmgrace用“sudoaptgeti
stallgrace”安装。（我本来是连这个都不知道的……悲哀啊）直到做到Ribo
ucleaseSpeptide才是真正的完整的一次模拟。把这个过程当作范本，同时结合我后面说两篇心得总结和流程图，反复对比他们的异同，你就能发现哪些是不可或缺的骨架哪些是有用的小技巧（有些命令的省略常令我们初学者摸不着头脑）。最后一个Protei
u
foldi
g的例子似乎没有对应的文件，tutor文件夹中的
mr1与
mr2两个文件夹也不知道是用在哪里的。（我现在还是很菜的……）2流程图在sharehtmlo
li
e中也可以看到，但那是比较简单的，还有个更详细的：httpwwwmdbbsorgviewthreadphptid357highlightflowchart要金币下载，不过看了我推荐的资料后你自己也能总结出来，还收获更大呢！3别人的心得和总结论坛里就有很多，但是多未必是好事，为了花最少时间长学到最多东西，我再推荐两篇，一是happyboy的httpyua
dxliblogc
comdiary18895341shtml。（happyboy看了应该很高兴吧）二是httpwwwmdbbsorgthread300411html。入r