链受到影响。返潮河段河水咸化，不能用作自俩谁，不能灌溉土地，否则会造成盐碱化。影响南水北调。两岸地下水上升、咸化。11水库淹没与移民淹没损失较大，淹没房屋和基础设施。12人群健康重金属产生的疾病。癌症多发。调水工程沿途和库区局部地区有钉螺、血吸虫孽生条件。疟疾流行，病患高烧不退，按蚊滋生传播细菌和病毒。库区医疗卫生保健条件普遍较差。13自然景观和文物古迹库区文物古迹众多，即有新石器时代文化遗址（多在海拔150m以下），夏、商、周、战国、西汉、晋、南北朝、唐、宋等朝代文化遗址和墓群（大多在海拔180m以下），又有元古代、古生代、中生代、新生代较完整的地面剖面。这些被淹入水下。14工程施工问题15泥沙的淤积问题1）变动回水区的泥沙淤积严重影响航运2）库区的淤积3）各支流入江口处的淤积4）发电站尾水出口处的淤积
f谢朝平的纪实文学作品《大迁徙》主要记录了上世纪50年代以来三门峡水库移民的诸多问题，涉及当地一些官员违背移民政策的贪污、腐败行为。
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