如何用MEGA50和Clustalx183构建进化树
MEGA是一个关于序列分析以及比较统计的工具包，从31版本到后来的40版本一直都广为大家熟悉，现在推出了Mega50版本。功能比以前多有改进。现主要介绍使用Mega50构建系统进化树的方法。供大家参考。用MEGA构建进化树有以下步骤：1、测序：将克隆扩增测序得到的16SrDNA序列进行测序。2、NCBI上做Blasthttpwww
cbi
lm
ihgovblastBlastcgi找到相似度最高的几个序列，确定一下你分离的细菌大约属于哪个科哪个属，如果相似度达到百分之百那基本可以确定你分离得到的就是Blast到的那个，然后寻找相似性最高的细菌，通常把该属的序列（Fasta格式文件）下载下来，或点击Ge
Ba
k登录号，复制FSATA格式，整合在一个txt文档中（单独建立一个文件夹存放，后面的很多文件会自动装入该文件夹），如XXXXAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGGAGCGAGGGTGCTTGCACCTTAGCTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCTTAGGAATCTGCCTATTAGTGGGGGACAACATTCCGAAAGGAATGCTAATACCGCATACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGATCTTCGGACCTTGCGCTAATAGATGAGCCTAAGTCGGATTAGCTAGTTGGTGGGgi289469964gbGU3883811Aci
etobacterta
doiistrai
DSM1497016SribosomalRNAge
epartialseque
ceACTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCTTAGGAATCTGCCTATTAGTGGGGGACAACATTCCGAAAGGGATGCTAATACCGCATACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGATCTTCGGACCTTGCGCTAATAGATGAGCCTAAGTCGGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACGATCTGTAGCGGGTCTGAGAGGATGA…………………………参考序列选择注意事项：1、不选非培养u
clutured微生物为参比；2、不选未定分类地位的微生物，最相近的仅作参考；c，在保证同属的前提下，优先选择16SrDNA全长测序或全基因组测序的种；d，每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。3、使用clustalx183进行序列比对打开压缩文件clustalx183，运行其中的clustalxexe文件，如图：
f点击Fileloadseque
ces，将整理好的txt序列文件导入clustalx183，如图
接着点击Alig
me
tDoCompleteAligme
t
程序自动运行，得出结果，自动输出al
和d
d为后缀的两个文件，并自动存入你txt文件所在的文件夹内。序列比对也可以直接用MEGA来做。4、运行程序MEGA50，如下图所示：
点击：File导入Clustal程序得到的al
文件。再点FileCo
verttoMEGAFormat，打开转换文件对话框，从目的文件夹中选中Clustal对比分析后所产生的al
文件，转换为meg文件。转换时一路确认相关界面。最后查看meg序列文件最后是否正常，命名新文件存盘保存meg文件，meg文件会和al
文件保存在上述txt同一个文件夹中。5、关闭转换窗口，回到主窗口，现在点面板上的“Clickmetoactivateadatafr