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哲学与科学的关系从它们产生之日起便一直成为人们讨论的话题。这里，我们从哲学与科学发展的历史来认识他们的关系。
古代时期，哲学包含自然科学。所谓自然哲学它是一种关于自然界的哲学。它产生于古代流行于17世纪到18世纪初叶。当时自然科学还没有得到充分的发展人们还不能通过科学的方法理解自然界中诸多奥秘。一些哲学家就企图不依赖科学实验材料而单凭抽象理论思维和逻辑推论来建立一种凌驾于自然科学之上包括并代替自然科学的关于自然界的思想理论体系。这就是从前人们所说的自然哲学。它的特征是从整体上对自然界作思辨的说明。因此古代自然哲学是把自然科学包括在自己的体系中当自然科学尚未从哲学中分化出来时是这样当自然科学变成独立的存在时仍然是这样。自然科学在这种自然哲学体系中只能作为其哲学观点的具体例证而存在在当时哲学被看作是“科学之科学”。所以古代哲学与自然科学的关系是自然科学还处在哲学的母体之中还没有独立地分化出来哲学与自然科学是包含与被包含的从属关系即哲学包含自然科学。
近代前期，自然科学机械力学催生了哲学思想形而上学。近代前期形而上学自然观是在自然科学技术和生产力有了一定的发展而又发展的不充分的条件下产生的。这种形而上学自然观统治近代自然科学达二百年之久。它认为自然界没有历史的发展始终是这样一切运动都是机械运动没有质变力学规律是自然界的普遍规律。事物发展变化、运动的原因是外力的作用而不在事物的内部。在近代前期力学、天文学和数学是达到高水平的三个学科。特别是力学发展比较充分成为带头学科导致人们习惯用机械力学的思想理论解释自然事物和现象这就决定了这一时期哲学的基本特征。所以这一时期哲学与自
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然科学的关系是一方面自然科学不再是哲学的附庸它正从哲学的母体中逐步分化出来另一方面自然科学的发展还处在起步阶段并且各学科的发展极不平衡特别是在这一时期自然科学中的力学可谓是独领风骚导致哲学在很大程度上来说受机械力学的影响极大。
近代后期和现代，自然科学独立于哲学。恩格斯在《自然辩证法》中解决了哲学与自然科学的关系问题有力地推进了各自学科的发展。恩格斯站在自然科学发展的时间高度清醒地看出近代自然科学的产生是以哥白尼的学说开始和以牛顿的学说为标志。它表明自然科学从哲学中分化出来成为独立的学科或者说科学的独立标志着哲学与自然科学的r