α螺旋，一个处于DNA的大沟，称为识别螺旋；许多真核生物的转录调节蛋白也包含HTH结构，如同源异形蛋白（homeodomai
HD），HD由60个氨基酸残基组成。锌指（Z
fi
ger），锌指是某些蛋白质分子中由若干保守的氨基酸残基同锌离子结合，
6
f形成相对独立的“指”状四面体结构。CXHY中的XY表示与Z
配位结合的半胱氨酸的组氨酸。亮氨酸拉链（leuci
ezipper），有这种结构的蛋白质常以同源二聚体或异源二聚体的形式与DNA结合。这些蛋白的结合区可以分为两部分：一为碱性区（结合区），它与DNA结合，此区含有许多具有亲水性的氨基酸；与碱性区相连的是7个一套的氨基酸残基连续排列，每第七个都是疏水的亮氨酸残基。二聚体的形成对与DNA的结合是必要的，但结合的不是拉链区而是碱性亲水区。螺旋－环－螺旋（HLH），HLH模体含有40多个氨基酸残基，在2个具有两性特征的α螺旋之间有一个长度可变的连接区（loop）。通过α螺旋的相互作用，HLH蛋白能够形成同源或异源二聚体，环的存在可以保证两个α螺旋独立的起作用。每个α螺旋由1516个氨基酸组成主要的转录活化和抑制机制活化机制：①转录活化蛋白能够募集转录装置到特异基因启动子；募集介导因子，并通过它募集RNA聚合酶，还募集一般转录因子TFIID②转录活化蛋白能够募集有助于转录装置结合到基因启动子上的核小体修饰因子，如组蛋白乙酰化酶和染色质重塑复合物。抑制机制：1空间干扰和竞争：转录抑制因子通过与转录活化因子竞争同一位点或顺序交叠位点来行使功能2抑制，阻遏蛋白结合到活化蛋白旁侧的DNA结合位点并与活化蛋白相互作用，占据了活化蛋白的活化区。3直接阻遏，阻遏蛋白结合到基因上游的位点，通过以某种形式与启动子上的转录装置相互作用抑制转录。4间接阻遏，通过募集以抑制转录方式改变核小体的组蛋白修饰物来抑制转录。如去乙酰化和甲基化增强子和基因座控制区增强基因转录的作用机制？1拓扑模型假定增强子通过一种顺序特异的拓扑异构酶结合位点起作用，诱导负性超线圈到DNA中，增强起始速率2扫描或入口位点模型设想增强子服务于RNA聚合酶Ⅱ的入口，与增强子顺序结合后沿着DNA滑动，直到接近启动子，帮助形成转录起始复合物3环模式若干结合到相距较远的增强子结合位点上的DNA特意结合蛋白共同形成一个复合物，通过形成一个可通过核浆的环与启动子上基本转录装置相互作用，增强转录4连接模型假设LCR和启动子之间的联络通过与HD蛋白的相互作用卯定到染色质r