工程等措施以后，有可能靠自然演替实现自我恢复的目标。另一类是被严重干扰的生态系统，它往往是不可逆的。在去除胁迫因子或称“卸荷”后，还需要辅助以人工措施创造生境条件，进而发挥自然修复功能，实现某种程度的修复。
一般来说，河流生态修复工程措施可以归纳为三类：水文恢复措施、地貌多样性修复措施及栖息地恢复措施。水文措施的实施主要是为了调节径流模式，如改变水库运行调度方案、调整河流取水方式、调水工程等。地貌多样性修复措施包括多项技术，其目的在于使河道具有一定的自然地貌特征，主要措施包括：河岸带廊道的修复；河流蜿蜒性特征的修复；河流断面多样化特征的修复；创建深潭浅滩序列；河道内局部地貌特征的改善；生态型岸坡防护技术。栖息地措施包括在河床、河岸、河岸带上设置一些结构物，改善河流的生态功能，以及在河流内设置遮蔽物、开挖枯水河道、进行岸边带植被和改善河床底质等。
在确定利用某种修复措施后，应在理解其结构、功能及特征的基础上根据相关资料进行细部设计，比如，深潭浅滩序列的修复和重建必须建立在对河道历史情况进行调查的基础
f上，并应根据河流地貌学分类，与同一流域内其它具有同类地貌特征的未受干扰河段进行类比分析。除此之外，也可以按照水力学和泥沙输移理论的一些经验公式确定相关特征参数。表21为深潭浅滩序列结构、功能和特征的一些要点。
表21深潭浅滩序列的结构、功能和特征（Natio
alRiversAuthority1994b）
深潭浅滩
占到河流栖息地的50以上；断面流速不对称，即使在顺直河段也是如此；河床底质为松散混合砂砾石；在水深大于03m的所有流量条件下，比相关联的浅滩断面窄25；位于弯曲段的顶点；在枯水流量条件下，与出露的砂砾石沙洲边滩相关联；对于水域内的大型植物和鱼类具有重要生态功能；具有重要的休闲娱乐价值，如垂钓、划船等；可能有周期性的泥沙淤积，特别是在上游有大量泥沙供给的情况下（如河岸侵蚀崩塌）。洪水过后和深潭调整以后，泥沙可能会被冲走。占到河流栖息地的3040；局部较陡，河流纵剖面较浅，一般情况下，横断面基本对称；在枯水流量条件下，水流湍急；在各种流量条件下，比相关联的深槽断面宽25；位于两个弯曲段之间的过渡段，间距为3到10倍的河宽（河床越陡，间距越短）。混合砂砾底质，具有一个密实的砾石面层。应在浅滩表面放置一些大块石，以打破低流速模式，形成湍流，营造多样性的栖息地环境；洪水过后，可能会出现泥沙淤积问题，r