肯离去，坐等巡捕前来捉拿。而邹容原本已从后门逃跑，躲在一英国传教士住所，但听说章太炎被捕下狱，立刻到衙门自首。后来，这对忘年之交以平民的身份与清政府在上海租界法庭当庭对质，痛斥朝廷的腐败。虽然清政府想以“毁谤朝廷”“大逆不道”“图谋不轨”的罪名将他们凌迟处死，但在强大舆论的压力与租界当局的干预下，只得分别判处邹、章二人两年及三年徒刑。审讯结束后，章太炎与邹容被送回牢房，不想沿路观者如堵，章太炎见状，即高声吟道：“风吹枷锁满城香，都市争看员外郎。”回到牢里，他还与邹容互吟诗相赠。不久，邹容因无法适应狱中恶劣的环境而病逝，章太炎则刑满出狱，继续从事革命活动。袁世凯窃取大总统宝座后，曾聘章为总统府高等顾问。章太炎看出袁有称帝野心，拟效方孝孺故事，执丧杖，穿麻衣，痛哭于国门，以哀共和之将亡，为同人所劝阻。然而“章疯子”的名声，由此传开。章太炎就是这样喜欢特立独行，当听到有人说他是“疯子”和“神经病”时，他非但不以为忤，还赞成对方的说法，自认是神经病，且希望他的同志、朋友，都能带点神经病。他在东京加入同盟会时，曾有过一段演讲：“大凡非常的议论；不是神经病的人断不能想，就能想亦不能说，遇着艰难困苦的时候，不是神经病的人断不能百折不回，孤行己意。所以古来有大学问成大事业的，必得有神经病，才能做到。为这缘故，兄弟承认自己有神经病，也愿诸位同志人人个个都有一两分神经病。近来传说某某有神经病，某某也有神经病，兄弟看来，不怕有神经病，只怕富贵利禄当面出现的时候，那神经病立刻好了，这才是要不得呢”
f章太炎被袁世凯幽禁于北京龙泉寺时，因愤怒而绝食以示抗议。由于正逢隆冬，滴水成冰，绝食两天后，他又冷又饥，躺在床上已奄奄一息。门人朱逖先、吴承仕、钱玄同等闻讯，纷纷跑去劝他进食，但从早到晚，不管大家怎么劝说，章太炎都摇头不理会。就在无计可施时，吴承仕突然灵光一闪，问：“您比祢衡如何”章太炎两眼一瞪，哼声道：“祢正平祢衡怎么比得上我”吴承仕于是告诉他，刘表欲杀祢衡，但自己不想背罪名，所以将弥衡送到黄祖那里，让他下手当恶人；如今袁世凯比刘表更厉害，因为他不需利用黄祖那样的人，就可让先生指章太炎自己把自己杀了。龙泉寺软禁中的章太炎一听，赶紧从床上翻身坐起，斥道：“这是什么话”众门人见状趁机苦劝，并拿出荷包蛋等章太炎爱吃的食物，终于让他恢复了饮食。胡适所著的《中国哲学史大纲》r