读入最初的Z矩阵和产生初始分子轨道。必需有一个对分子几何构型做优化计算的循环，用优化程序（本例中使用Ber
y优化模块L103）决定是否需要做另一个优化，以及是否获得了最优的分子结构。λ如果分子结构收敛，则程序计算能量梯度，确认已得到最优的分子结构后，退出。λ只在第一个和最后一个分子结构进行布居数分析并打印轨道，不要在不感兴趣的中间结构进行这些操作。λ第一个点的处理分成两部分，计算路径各由一系列的积分、猜测、SCF、以及积分求导的计算组成。第一部分包括模块L101（读入分子初始结构）和模块L103（进行本身的初始化），并有选项指示模块L401产生最初的猜测波函数。第二部分计算在优化过程中使用由模块L103产生的分子结构，并且有选项指示模块L401取回前一结构的波函数，做为下一步的最初猜测波函数。第八行中指示向前跳行，表示如果模块L103正常结束（没有任何特殊的操作）下一行，（模块L9999）则跳过不执行。通常在第二次激活模块L103时，会检查最初的能量梯度，然后选出新的结构。下一个要执行的是模块L202，用来处理Z矩阵，接着是第二部分其它的能量和梯度计算，它们构成主要的优化计算循环部分。如果模块L103第二次激活时发现几何结构已经收敛，计算将会终止并产生禁止向前跳行的信号，然后执行下一行的模块L9999，完成整个计算。第1015行构成主要的优化计算循环。该循环计算积分、波函、以及优化计算中第二个点与后面各点的梯度。它以模块L103结束。如果几何结构还未收敛，模块L103选择新的结构并正常结束计算，这会造成执行次序由第15行向后跳到第10行，进行新的计算循环。如果
f模块L103发现几何结构已经收敛，将退出并禁止跳行，执行结束行第1618行。结束前使用模块L601在最后的分子结构产生多极积分，将打印出多极矩、分子轨道和布居数分析，如果需要的话。最后模块L9999产生存档项目并结束计算任务。
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