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生物特性和特性限定语的附录,以及IUPAC规定的核苷酸和氨基酸的代号。bFTPGe
Ba
ka
dDailyUpdates:b1Ge
Ba
k普通文件格式参见Ge
Ba
k记录样本和在Ge
Ba
k公布通知中的详细描述,下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。2ASN1格式摘要句法记号1,国际标准组织(ISO)数据表示格式,下载大多数最近的完全公告和日常积累或非积累更新数据。3FASTA格式定义行号后只跟随序列数据(示例),参见描述数据库的readme文件,包括
tZ(每天更新的非冗余BLAST核酸数据库,包括Ge
Ba
kEMBLDDBJPDB序列,但是不包括ESTSTSGSSorHTGS序列),
rZ(每日更新的非冗余蛋白质),estZgssZhtgZstsZ和其它文件。b分子数据库:b1核酸序列
f1、E
trez核酸:用accessio
umber作者姓名,物种,基因蛋白名字,以及很多其它的文本术语来搜索核酸序列记录(在Ge
Ba
kPDB中)。更多的关于E
trez的信息见下。如果要检索大量数据,也可使用BatchE
trez(批量E
trez)。2、RefSeq:NCBI数据库的参考序列。校正的,非冗余集合,包括基因组DNAco
tigs,已知基因的mRNAs和蛋白,在将来,整个的染色体。Accessio
umbers用NT_xxxxxxNM_xxxxxxNP_xxxxxx和NC_xxxxxx的形式来表示。3、dbEST:表达序列标签数据库,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列。也包括来自于差异显示和RACE实验的cDNA序列。4、dbGSS:基因组调查序列的数据库,短的、单次(测序)阅读的cDNA序列,exo
trap获得的序列,cosmidBACYAC末端,及其他。5、dbSTS:序列标签位点的数据库,短的在基因组上可以被唯一操作的序列,用于产生作图位点。6、dbSNP:单核苷酸多态性数据库,包括SNPs,小范围的插入缺失,多态重复单元,和微卫星变异。2完整的基因组:1、参见下面Ge
ome和Maps部分,包括各种物种资源,人,小鼠,大鼠,酵母,线虫,疟原虫,细菌,病毒,viroids,质粒。2、发U
iGe
e:被整理成簇的EST和全长mRNA序列,每一个代表一种特定已知的或假设的人类基因,有定位图和表达信息以及同其它资源的交叉参考。序列数据可以以cluster形式在U
ige
e网页下载,完整的数据可以从FTP站点repositoryU
iGe
e目录下下载。1人类:U
iGe
e2小鼠:U
iGe
e3大鼠:U
iGe
e4斑马鱼:U
iGe
e3、BLAST:将你的序列同核酸库中的的序列比较,检索相似的序列。(更详细的信息见下面ToolsSeque
ce相似搜索部分)b蛋白序列:b1、E
trez蛋白:用accessio
umber作者姓名,物种,基因蛋白名字,以及很多其它的
f文本术语来搜索蛋白序列r
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