双单倍体材料外，其余5个树种均是采用遗传背景相对不清晰、杂合度较高的二倍体栽培品种（梨Pyrusbretsch
eideri、枣Ziziphusjujuba、猕猴桃Acti
idiachi
e
sis和菠萝A
a
ascomosus）或野生品种（梅花Pru
usmume）（表1）1。测序技术主要采用第二代测序技术Illumi
a平台。与第一代Sa
ger测序技术相比，第二代测序技术降低了测序成本，提高了测序速率，且测序覆盖度更高，尤其是Illumi
aHiSeq2000测序技术平台以高通量、高分辨率、高精度和价格低廉等优势发挥着巨大作用，已成功应用于多种果树植物的全基因组或转录组测序研究。2果树植物的起源和进化事件已完成测序的植物基因组进化过程研究结果表明，全基因组复制事件几乎发生于每个植物的进化过程中。全基因组复制存在古老的全基因组复制（oldwholege
omeduplicatio
s，oldWGD）和近代的全基因组复制（rece
twholege
omeduplicatio
s，rece
tWGD）2种方式。在双子叶植物中，古老的全基因组复制也被称为古六倍体化（paleohexaploidizatio
）进化或者三倍化复制（triplicatedarra
geme
t），又称γ事件27。单子叶植物中古老的全基因组复制事件与双子叶植物有所不同，包括ρ、σ和τ等3种不同的进化事件8。近代的全基因组复制过程伴随基因的丢失和基因新功能的产生，是大多数双子叶植物进化的主要动力。表2给出了这11种果树植物在进化过程中所发生的全基因组复制事件。由表2看出，这11种果树植物全部都经历了古老的WGD，并且菠萝还发生了2次。已完成测序的这些真双子叶植物基因组的六倍体化过程都发生在相似的时间，即是在单子叶植物与双子叶植物的分化之后，蔷薇类分支（Eurosidsclade）分化之前，早于葡萄科和蔷薇科的分化，也早于鼠李科（Rham
aceae）和蔷薇科（Rosaceae）的分化，大约在14亿年前。在约0872亿年前，枣和蔷薇科（包括梨、苹果、桃、梅和草莓）发生了分化9。葡萄基因组首次解析了全基因组三倍化复制事件，被视为古六倍体化进化机制的实例，随后苹果、草莓、甜橙等基因组结构的分析均支持双子叶植物祖先的古代六倍体是单一起源的假说。另外，值得注意的是，作为单子叶植物的香蕉基因组，在进化过程中，没有发生禾本科植物的ρ、σ或τ复制，而是发生了与双子叶植物相似的γ复制事件10。FL）由表2还可以看出，相对于进化过程中普遍发生的古老的全基因组复制事件，在这11种果树植物中仅有苹果、梨、猕猴桃和香蕉4种果树基因组发生了近代的WGD事件。通过共线性区域分析，发现猕猴桃进化过程中发生3次基因组倍增历史事件，r