税机关为主管税务机关。纳税人或扣缴义务人应到主管税务机关办理纳税申报和税款入库手续。”明确了主管税务机关的同时，实际上也就明确了纳税地点。
3、对计税依据明显偏低且无正当理由的处理
国税函〔2009〕285号第四条规定：“税务机关应加强对股权转让所得计税依据的评估和审核。对扣缴义务人或纳税人申报的股权转让所得相关资料应认真审核，判断股权转让行为是否符合独立交易原则，是否符合合理性经济行为及实际情况。对申报的计税依据明显偏低（如平价和低价转让等）且无正当理由的，主管税务机关可参照每股净资产或个人股东享有的股权比例所对应的净资产份额核定。”
（三）几个特殊的政策规定
1、个人股权转让过程中取得违约金收入
股权成功转让后，转让方个人因受让方个人未按规定期限支付价款而取得的违约金收入，属于因财产转让而产生的收入。转让方个人取得的该违约金应并入财产转让收入，按照“财产转让所得”项目计算缴纳个人所得税，税款由取得所得的转让方个人向主管税务机关自行申报缴纳。（《国家税务总局关于个人股权转让过程中取得违约金收入征收个人所得税问题的批复》国税函2006866号）
f2、纳税人收回转让的股权
根据《国家税务总局关于纳税人收回转让的股权征收个人所得税问题的批复》（国税函2005130号）规定分两种情形：第一种情形：股权转让合同履行完毕、股权已作变更登记，且所得已经实现的，转让人取得的股权转让收入应当依法缴纳个人所得税。转让行为结束后，当事人双方签订并执行解除原股权转让合同、退回股权的协议，是另一次股权转让行为，对前次转让行为征收的个人所得税款不予退回。（即按两次股权转让行为缴纳个人所得税）
第二种情形：股权转让合同未履行完毕，因执行仲裁委员会作出的解除股权转让合同及补充协议的裁决、停止执行原股权转让合同，并原价收回已转让股权的，由于其股权转让行为尚未完成、收入未完全实现，随着股权转让关系的解除，股权收益不复存在，根据个人所得税法和征管法的有关规定，以及从行政行为合理性原则出发，纳税人不应缴纳个人所得税。
3、转让改组改制企业的量化资产
股权个人所得税《国家税务总局关于企业改组改制过程中个人取得的量化资产征收个人所得税问题的通知》（国税发200060号）规定：对职工个人以股份形式取得的拥有所有权的企业量化资产，暂缓征收个人所得税；待个人将股份转让时，就其转让收入额，减除个人取得该股份时实际支付的费用支出和合理转让费用后的r