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scriptomeassembly应用第二代测序技术的转录组组装2第一部分：总体介绍挑战与机遇2第二部分：实验提取与数据分析2组装前：2组装策略：3选择策略4选择组装软件4评价组装的质量5总结和未来的展望5全文完5
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scriptomeassembly应用第二代测序技术的转录组组装
第一部分：第一部分：总体介绍挑战与机遇
1234现有的转录组组装技术主要有三大方向：基于参考序列的组装，从头组装，两者结合的组装方法第二代测序与Sa
ger测序在转录组中的优势：高灵敏度，高精度，高深度，检测范围广甚至包括起调节作用的稀有转录本，第二代测序与其他高通量技术如基因芯片技术相比在转录本中的优势：能达到单碱基水平的分辨率，能反应表达水平的动态变化，能进行从头基因注释第二代测序在组装中的挑战：测序片段reads短，质量值偏低，数据量大，要求大内存或者多核计算机。现在已经有一些软件能解决这些问题如：Velvet，ABYSS，ALLPATH等转录本组装与基因组组装的差别：1测序深度问题：各个转录本的深度不一致2链特异性，组装软件需要考虑正义链和反义链之间的overlap3转录本变异：例如可变剪切
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第二部分：实验提取与数据分析第二部分：实验提取与数据分析
组装前：
1文库构建：A为了多的构建转录本，核糖体RNArRNA和丰度过高的转录本应该被移除，但是如果实验要研究转录本的丰度数值的话，应该构建不经过移除处理的文库。B是否取消文库构建的PCR过程，因为PCR导致高GC含量的转录本测序深度偏低。需要研发免扩增的技术Amplificatio
freeprotocols，最新的单分子测序技r