求，试图进行科学探索，对磁铁、放大镜、冰、化学实验、“地球是圆的”的论断等这些新生事物孜孜以求。他发现世界很大，每天都在发生许多不可思议的事，可是马孔多的人还过着“蠢驴”一样的日子。他迫切地希望改变这些。但是他的行为在妻子和其他蒙昧无知的人眼中就是
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发疯了。最终无人理解的他终于成了疯子，被绑在大树上，只有去和亡灵交谈解闷。他的儿子奥雷里亚诺上校是一个“天才”，他同父亲一样对知识充满好奇，同时又对未来有惊人的预知能力。他的一生充满传奇色彩，身经百战，有极高的声誉和荣耀，同时也多次面临绝境，逃过14次暗杀、73次埋伏以及1次枪决。在发动了22次政变，自己的17个儿子都被杀光后，他一生追求建立新政权的努力化为泡影，于是奥雷里亚诺上校回到马孔多，离群索居，闭门不出，终日以制作小金鱼消磨时光，老死家园。他享有“孤独”，并不是因为他想要这样，而是因为找不到能够理解他的人。
在作品中，更多人的孤独是属于“野兽”式的。比如大儿子何塞阿卡迪奥，他身材高大，性情执拗，做事大多是凭本能的冲动。进入青春期后，“孤独”就一直陪伴着他。他与年长于他的庇拉私通生子；与吉卜赛女郎相爱，离家出走；流浪多年后又重返马孔多，最后被枪杀。还有终日织着裹尸布并与侄子有染的阿玛兰妲，纵情酒色的奥雷里亚诺第二，以及奥雷里亚诺第二的儿子何塞阿卡迪奥，等等，这些人的经历都不同寻常，但是孤独是他们的共性，无论身处何时何地，他们都是在孤独、困惑与无聊中度日。
马尔克斯在《百年孤独》结尾处写道：“这手稿上所写的事情过去不曾，将来也永远不会重复，因为命中注定要一百年孤独的世家绝不会有出现在世上的第二次机会。孤独，虽然使个体得以苟延残喘，但对整个人类命运来说，孤独注定带来覆灭。”在布恩迪亚七代人的家族发展史中，虽然人数众多，彼此关联，但是人人自闭，冷漠地面对世界。因为彼此的心灵不通，只能守着孤独，“享受”孤独。虽然孤独可以让人平静与思考，但是孤独带来的封闭与无知却是致命的。对于个人来说，即使孤独，也可在世上行尸走肉般存活着，但是对于家族来说，它的结果必然是毁灭。
“孤独”不仅是《百年孤独》的主题，同时也是马尔克斯其他一些作品的主题，比如《家长的没落》《没有人给他写信的上校》……孤独也是拉美文学共同的主题。长期以来，这一地区的国家和民族，经历了外来文化的洗礼、欧洲殖民者的入侵，在争取独立的斗争中r