测序平台
Sa
ger
454
Solid
HiSeq2000
企业
LifeTech
ology
Roche
LifeTech
ology
Illumi
a
推出时间
1977年发明，1986年第一台商业化测序仪
2005年
2007年
2010年1月
主流型号
3730XL
Ge
omeSeque
cerSolid40（2010年推Illumi
aHiSeq2000FLXTita
ium（2008年出）推出）Fragme
t文库10
g5μgPairede
d文库10
g5μgMatepaired文库5μg20μg边连接边测序6ugsample无RNA、蛋白污染，无降解，OD260OD2801820
样品要求
PCR产物：浓度≥50
gul体积≥10ul；5μgofDNA，浓度≥质粒：含量≥5ug；菌300
gμL液：体积≥1ml。
测序原理
双脱氧链终止法
焦磷酸测序
边合成边测序
文库制备
无需建库，提供质粒、Fragme
t300800菌液、PCR产物等均可bpMatepair以
Matepaired文库插入片段600bpto10Fragme
tMatepairKb200bp40kbPairede
d文库Fragme
t文库微乳液PCR桥式扩增
模板制备
PCR扩增
微乳液PCR
读长
5001000bp
400bp
250bp
50SE91PE101PE等
测序通量
四种测序方式的每天通量：短片段测序0406Gbru
36cm36mi
500bp1728000bpday；快速测序36mi
2hours10hours
100120Gbru
12Gday
25Gday
时间ru

712days
91101PE810days50SE3days150PE15days总体来说，策略不同，时间也有差别
碱基精确度
99999
Q20读长为400个碱基
原始碱基数据的准确度大于9994，而在15XQ30≥80；Q20覆盖深度时的准确度可≥90以达到99999
变异检测能力DNA重测序方面
heterozygousi
sertio
sa
ddeletio
smicrosatelliteSNPAFLPTRFLPa
dLOHa
alyses
SNPI
delSVCNV
SNPI
delSVCNV
SNP、I
del、SV、CNV
f成本
95000permachi
e仪器500000台，about4perreactio
测序5600perwhole800bpperreactio
plate
仪器495000台，测序6000100Gb
690000permachi
e6000perhuma
ge
omeseque
ci
g30X
数据格式
bcf；abl数据收集软件DataCollectio
v20随机提供Ma
agesyouri
strume
tsetupco
trolsi
strume
toperatio
sallowsrealtimedatavisualizatio
a
dperformsdiag
osticsNewfeaturesi
cludeAutoa
alysiswith
Rawdata：SFF格式
Rawdatacsfasta和测序结果：fq比对：quel；比对输出格式：。SOAPBAMSAMBAMSAM。变异：gff
分析软件
GSDeNovoAssembler软件；GSRefere
ceMapper软件；GSAmplico
Varia
tA
alyzer软件
分析软件：BioscopeGe
omeStudio或者第比对后格式有很多第三三方软件包；自主选择方软件支持
优点
测序金标准，读长长
突出优势是读长长，使得后继的序列拼接工作高准确性，每个DNA碱更加高效、准确。速度通量大，测序方式灵基检测2次，增加了序快，一个测序反应耗时活，分析软件多样化10个小时，获得46亿列读取的准确性个碱基对。
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