2004版和2009版医保目录深度对比分析人力资源和社会保障部11月30日正式发布《国家基本医疗保险、工伤保险和生育保险药品目录（2009年版）》（以下简称《药品目录》）。此次《药品目录》调整主要针对西药和中成药，调整后的新版《药品目录》的西药和中成药品种共2151个。西药部分共有药品1164个，其中甲类349个，乙类791个，另有20个仅限工伤保险用药，4个仅限生育保险用药；中成药部分共有药品987个，其中甲类154个，乙类833个。
2004版医保目录与2009版医保目录总体对比：
2007年补充品2004版编号实际品种种西药中药103182310227891323116498796592262342009版品种取消品种新加入品种
据统计2009版医保目录西药共新增226个品种，中药共新增234个品种，同时西药删去96个2004版医保目录里面的品种，中药删去59个2004版医保目录里面的品种。
2004版医保目录，部分同时有两种不同剂型的药品，会出现两个不同的编号，而2009版医保目录所有药品不论什么剂型都只有一个编号，例如：2004版，清开灵颗粒（胶囊、片）的编号为183，清开灵注射液的编号为1842009版中清开灵颗粒（胶囊、片）和清开灵注射液的编号都是71。所以实际品种数量同编号有出入。
西药新加入品种名单：
α硫辛酸ω3鱼油脂肪乳C1424阿达帕林阿德福韦酯阿立哌唑阿莫罗芬艾司西酞普兰
利奈唑胺利塞膦酸钠利扎曲普坦硫酸锌六氟化硫微泡卤米松三氯生洛铂
钆喷酸葡胺钆特酸葡胺甘氨双唑钠高锰酸钾高三尖杉酯碱氯化钠癸氟奋乃静桂哌齐特
f氨酚曲马多氨磺必利氨糖美辛奥沙西泮白眉蛇毒血凝酶贝美前列素贝尼地平贝前列素比阿培南吡贝地尔标准桃金娘油丙氨瑞林丙泊酚中长链脂肪乳丙戊酸镁博来霉素布林佐胺布替萘芬布托啡诺草分枝杆菌FU36长春西汀长效人胰岛素类似物超短效人胰岛素类似物雌莫司汀醋氯芬酸地氟烷地红霉素地奈德地诺前列酮
麦考酚钠美金刚美洛西林舒巴坦米安色林米氮平米非司酮米卡芬净米曲菌胰酶米索前列醇灭菌注射用水那他霉素纳美芬奈达铂萘哌地尔帕利哌酮帕瑞昔布帕司烟肼喷昔洛韦普拉克索普拉洛芬普罗雌烯齐多拉米双夫定齐拉西酮羟基喜树碱氯化钠羟考酮青蒿素类药物氢醌曲伏前列素
果糖环轮宁磺苄西林吉米沙星加巴喷丁甲硫氨酸维B1尖吻蝮蛇血凝酶精氨酸布洛芬聚桂醇聚乙二醇干扰素α2aα2b卷曲霉素卡巴拉汀卡贝缩宫素卡比马唑卡泊芬净卡泊三醇卡前列素氨丁三醇开塞露甘油糠酸莫米松抗艾滋病用药r