库blast
通过核酸序列搜索核酸数据库blastx通过翻译后的核酸序列搜索蛋白质数据库tblast
通过蛋白质序列搜索翻译后的核酸数据库tblastx通过翻译后的核酸序列搜索翻译后的核酸数据库d数据库名称与formatdb中
选项一致i输入文件不指明的话默认为STDINo输出文件不指明的话默认为STDOUTBlastall的一些参数说明2e设置evaluem比对结果显示格式选项，缺省值为0，即pairwise格式。另外还可以根据不同的需要选择16等不同的格式。I在描述行中显示gi号TF，缺省值Fb显示的比对结果的最大数目，缺省值250
fF对于要查询的序列做低复杂度区域lowcomplexityregio
sLCR的过滤TF，缺省值T。对blast
用的是DUST程序，其他比对用的是SEG程序。Blastall的一些参数说明3G打开一个gap的罚分（0表示使用缺省设置值），默认0E扩展一个gap的罚分（0表示使用缺省设置值），默认0q一个核酸碱基的错配mismatch的罚分（只对blast
有效），缺省值3r一个核酸碱基的正确匹配match的奖分（只对blast
有效），缺省值1M所使用的打分矩阵，缺省值BLOSUM6244
Bl2seq两条序列的BLASTbl2seq的绝大部分参数是与通用检索程序blastall一致的，只是没有了d的选项。另外增加了两个输入选项：i：第一个输入序列文件j：第二个输入序列文件注：这两个输入序列都应该是FASTA格式，各自的序列类型核酸或蛋白应由所选择的p参数决定命令如下所示：bl2seqiqueryfajsbjctfae001ooutPsiBLAST
fPsiBLAST是由blastpgp命令实现的，它的大部分参数是与blastall一致的，只有少数与迭代检索相关的选项是特别的：j最大迭代检索的次数，缺省值1，即等同与在blastall中所使用blastp程序h在每轮检索后构建新的打分矩阵时所选择的序列的期望值Evalue的阈值，缺省值0001C将生成的位点特异性的打分矩阵输出到一个文件（二进制格式）R从文件读取一个原先输出的位点特异性的打分矩阵，然后使用这个矩阵来继续进行以后的检索比对Q输出一个可读的文本（ASCII）格式的PSIBLAST的打分矩阵B设置让blastpgp读取一个已经存在的多重比对文件来构建位点特异性的打分矩阵而进行以后的检索如下命令所示：blastpgpiqueryfaaddb_
ameoquery_outFastacmd从数据库中提取序列a：是否提取重复accessio
号的序列TFl：设置输出的序列文件每行的字符数t：设置在FASTA格式的序列的描述行中只包含gi号TFo：输出文件名命令如下：fastacmdddb_
amesp38398
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