上学生云集，甚至许多名教授如朱自清、冯友兰、吴宓等都来听他的课。当年的华北学术界分成两派，一派是本国培养的学者，另一派是有留学经历的。本土派认为，留洋派不懂国情，你的学问再高，也是隔靴搔痒，解决不了中国问题；留洋派就觉得本土派太迂腐，眼光太狭，不掌握现代化的工具：因而两派互相瞧不起。但不管是哪一派，谁都不敢瞧不起陈寅恪，这在学术界堪称传奇。1941年受香港大学中国文学系主任许地山所邀，任职客座教授，讲授隋唐史，仅讲授韦庄《秦妇吟》一诗，耗时两个月。1941年8月4曰，许地山逝世，他接任系主任。1941年底香港沦陷，学校停课，生活物资奇缺，由于陈寅恪懂日文，日军十分礼遇之，寅恪拒不接受日人馈赠。期间寅恪闭门治学，撰《唐代政治史略稿》一书，香港日本政权欲以高薪聘请其任香港东亚学院院长，未果。
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f陈寅恪倡导，为人治学当有“独立之精神，自由之思想”。1953年中科院拟任命他为中国科学院历史研究所第二所所长。在他1953年12月1曰的《对科学院的答复》里，提出就任所长的两个条件，第一条：“允许中古史研究所不学习政治。”第二条：“请给一允许证明书，以作挡箭牌。”
陈寅格讲学还注意自然启发，着重新的发现。对学生只指导研究，从不点名，从无小考；就是大考，也只是依照学校的规章举行，没有不及格的。他常说：问答式的笔试，不是观察学生学问的最好办法，因此每次他都要求学生写短篇论文代替大考。但陈寅恪又强调：做论文要有新的资料或者新的见解，如果资料和见解都没有什么可取，则做论文也没有什么益处。
陈寅恪在讲授历史研究的心得时，常说：“最重要的就是要根据史籍或其他资料以证明史实，认识史实，对该史实有新的理解，或新的看法，这就是史学与史识的表现。”他的学生曾经回忆道：“陈老师在讲历史研究时，常说：凡前人对历史发展所留传下来的记栽或追述，我们如果要证明它为‘有’，则比较容易，因为只要能够发现一二种别的记录，以作旁证，就可以证明它为‘有’了；如果要证明它为‘无’，则委实不易，千万要小心从事。因为如你只查了一二种有关的文藉而不见其‘有’，那是还不能说定了，因为资料是很难齐全的，现有的文籍虽全查过了，安知尚有地下未发现或将发现的资料仍可证明其非‘无’呢？”陈寅恪对学术研究的严谨态度由此可见一斑。难怪傅斯年对他进行这样的评价：“陈先生的学问，近三百年来一人而已！中国近代思想家、政治家、教育家、史学家、文学家梁启超说r