重大鼠疫疫情应急处置工作的统一领导，统一指挥，做出处置鼠疫疫情的重大决策。指挥部成员单位根据鼠疫疫情应急处置的需要确定，主要有州卫生局、州委宣传部、州发展和改革委员会、州教育局、州科技局、州公安局、州民政局、州财政局、州交通局、州电信局、州农牧局、州经贸委、州林业和环保局、州民族宗教事务局、州旅游局、州红十字会、军分区、武警支队等组成。
指挥部各成员单位职责如下：
统一组织实施鼠疫应急医疗救治工作和各项预防控制措施，州卫生局：负责组织制定鼠疫防治规划、技术方案。并进行检查、督导；开展疫区卫生处置及维护国家利益卫生运动，对疫情做出全面的评估，根据鼠疫防控工作需要，依法提出隔离、封锁疫区及跨地区联合应急处置等建议，经州人民政府批准后负责对社会及时发布鼠疫疫情信息。
做好疫情处置的宣传报导。宣传鼠疫防治知识，州委宣传部：依照疫情控制的统一部署和有关部门、地方的请求。提高公众预防与保健意识。
保证供应，州发展和改革委员会：负责组织应急疫苗、药品、医疗设备和器械、防护用品以及生活必需品的贮藏和调度。维护市场秩序，坚持物价稳定。
f协助做好疫情处置工作。州教育局：对学生进行鼠疫防治知识宣传教育。
支持相关科学技术研究。州科技局：协助提供鼠疫疫区处置所需技术。
加强疫区治安管理和平安捍卫工作，州公安局：协助做好鼠疫疫区封锁。协助开展交通检疫、堵截鼠疫患者及染疫物品。
州民政局：对符合救助条件的鼠疫患者提供医疗、生活救助。
加强资金管理监督。州财政局：做好鼠疫控制应急资金的安排并及时拨付。
负责职责范围内的交通卫生检疫工作，州交通局：依照《国内交通卫生检疫条例》及其实施方案。组织做好站（场）内发生的鼠疫疫情应急处置工作，优先运送疫情处置人员、药品器械和有关物资。
州电信局：负责组织、协调各电信运营企业为鼠疫疫情应急处置（包括演讲）提供通信保证工作。
州农牧局：负责做好疫区家畜的鼠疫动物病防疫和动物防疫监督工作。
维护市场秩序。州经贸委：及时组织调运疫区人民生产、生活所必需的物资。
f并在疫情发生时，州林业和环保局：负责疫区野生动物异常情况的监测。协助做好疫情发生地的隔离工作。
州民族宗教事务局：积极协助做好疫区应急处置中涉及民族和宗教的相关工作。
州旅游局：组织旅游全行业认真做好鼠疫疫情的预防和应急处置工作。
协助相关部门在疫区内广泛开展鼠疫预防知识宣传普及工作，州红十字会：充分发挥志r