心NCBI维护httpwww
cbi
lm
ihgovEMBL由欧洲生物信息学研究所EBI维护httpwwwebiacukSWISS2PORT也由EBI维护DDBJ由日本国立遗传学研究所维护httpwwwddbj
igacjp。GENEBANK、DDBJ和EMBL共同构成“国际合作核酸数据库”其每天都会交换数据使这3个数据库的数据同步。PIR国际蛋白质序列数据库PSD是由蛋白质信息资源PIR、慕尼黑蛋白质序列信息中MIPS和日本国际蛋白质数据库JIPID共同维护的国际上最大的公共蛋白质数据库httppirgeogetow
edu。
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基因组数据库
基因组数据库描述不同分辨率下的基因组结构以及不同层次上基因组的结构包括基因定位、排列次序、分子之间的距离、克隆组集、探针、物理图等表1列出了部分农业基因组数据库。部分农作物的物理图、遗传图、基因组序列、基因及基因组注解的信息可以从NCBI得到如水稻、大豆、大麦、小麦、玉米和燕麦等的遗传图谱可通过NCBIMapViewerhttpwww
cbi
lm
ihgovmapview获得。
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基因表达数据库
基因表达数据库收集基因表达和微阵列杂交数据并校对是在线提供基因的表达浏览、查询和检索的有用资源4。在作物育种中常用的基因表达数据库是
fNCBI的GEOhttpwww
cbi
lm
ihgovgeo。
3
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生物信息学在农业上的应用
数据挖掘与利用
农业生物信息数据库可以高效地实现农业数据的入、查询、统计等较低层次
的功能实现数据的积累。但从堆积如山的数据中提取有用的信息如寻找数据中存在的关系和规则、挖掘并识别作物的重要基因、发现新基因、加快基因克隆的速度等都需要强有力的生物信息学工具。利用生物信息学工具就有可能对现有的农作物品种进行改造甚至创造新的物种丰富种质资源以满足人类营养健康需要。张业勤利用EST数据库dbEST对水稻新基因进行了搜索并对其功能进行了预测5Picoult2Newberg等在来自19个不同cDNA文库的EST序列中完成了850个候选SNP位点的发掘6Ji
等搜索公共数据库中与之高度同源的BAC克隆和EST序列并根据多重比对的结果设计引物所有扩增片段经再测序后发现一个CT型SNPRSP04定位在距fgr基因2cM处并认为他可用于香米品种的筛选7。李华盛等利用生物信息学方法在含有9470条棉花EST序列的数据库中进行微卫星标记筛选共发现微卫星序列4396个占整个EST数据库的464。其中双碱基重复序列1282个、三碱基序列2411个分别占在EST数据库中发现微卫星序列总数的2927和5488。
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基因组分析
农业生物信息学能够快速进行数r