被Smith杀死以后又复活了，并且具备了超能力，他看穿了Matrix中的一切，在他眼中，Matrix中的物体不再是形象，而是有数字组成的矩阵，于是，莫非斯认为的救世主（TheO
e）诞生了，特工变的根本不是尼奥的对手，尼奥钻进Smith的身体中，把他撕的四分五裂。
黑客帝国2
第二集的作用是承上启下，也是最为难懂，引起争议和讨论最多的一集。故事从尼奥的一个梦开始，他梦见崔尼悌被特工用枪打中了，这一开始其实就埋下了一个伏笔。上一集被杀死的Smith又复活了，理论上并不是复活，而是升级了，在尼奥钻入他身体的时候，Smith获得了尼奥的部分代码，最终导致了Smith的复活（升级），升级版的Smith不再是一个普通的特工，他变得更加强大，而且不受Matrix的控制，可以将自己的代码（思想）植入
fMatrix中的人甚至特工的身体中，从而复制自己，并控制他们，这个功能非常可怕，意味着Smith可以不断的复制自己，尼奥和Smith的第二次正面打斗的戏就是尼奥面对一堆的Smith不停的打，怎么也打不完，越打越多，最后只好像超人一样三十六计飞走了。接着影片出现了第二个伏笔，Smith复制了一个锡安的叛军，这个叫本恩的叛军通过电话回到了锡安，但是显然，他的思想已经变化了，不再是原来的本恩，而变成了Smith附身的本恩。尼奥莫非斯他们回到了锡安，观众有幸目睹了这个人类最后一个城市的壮观景象，我们开始知道，莫非斯也只是一个普通的船长，他也有上司，就是他的情敌司令官，锡安的最高权力机构是议会，议员有男有女，都是老人。而莫非斯所坚信的所谓救世主并不为大多数锡安人认同，在锡安，尼奥只不过是个小有名气的普通人而已。在锡安，尼奥和一个老议员的一段对话非常重要，是整个Matrix中几段经典对话之一，是揭示整个故事主题的点睛之笔，大意是这样，议员带尼奥来到锡安的动力和循环系统控制中心，看着那些巨大的机器在运转，说我虽然知道这些机器的名称和作用，但是我却根本不知道这些机器是如何工作的，他问尼奥你说什么是控制，尼奥说控制就是我们随时都可在我们想的时候把机器给关掉，议员说说得没错，可是关掉之后我们也就失去了赖以生存的各种循环系统。我想，议员是在告诉观众，人类世界与机器世界已经是你中有我我中有你的状态，互为依存的关系，从这里我可以隐约感觉到电影的最终结局必然是人类和机器要达到一种新的和谐。尼奥他们继续出征，他们要重新找到先知，让她告诉尼奥战胜机器世界的最终办法，先知告诉尼奥你必须先找到开锁人（Keymakerr