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cbi中查找基因序列的方法和三个号码一.例子:查找酿酒酵母(Saccharomycescerevisiae)里的海藻糖合成酶基因(tps1)
即可出现很多条目,找到Saccharomycescerevisiae的就是NC_001134了,点击后就进入该基因所在染色体的界面了,再在“编辑”中“查找”tps1就可以看该基因所在的位置,再点击CDS或者Ge
eID852423都可以出现相关链接!
当然,如果你在文献查到目的蛋白的序列号如NP_0096841或者Ge
eID852423,那分别在Search后选择Protei
或者Ge
e也可以出现相关链接!
二.基因CDS区界面的3个号码httpwww
cbi
lm
ihgove
trezviewerfcgival50593115from488899to490386viewgbwithparts找到后,我发现该界面有3个标记,一个是NC_001134,其次是gi50593115,最后是FEATURES中的ge
e中的db_xref“Ge
eID852423”,他们分别是什么号码,用在什么地方呢?尝试中,终于发现,在Search“Nucleotide”或者“CoreNucleotide”时,for后面是NC_001134,最终go到该基因所在染色体全长序列的信息,所以NC_001134应该是该染色体的登录号吧?在Search“Nucleotide”或者“CoreNucleotide”时,for后面是50593115,最终go到该基因所在染色体全长序列的信息,所以50593115应该是该染色体的号吧?在Search“Ge
e”时,for后面是852423,最终go到该基因的信息,所以852423应该是该基因的登录号吧?所以我们如果要记住目的基因在
cbi中的位置就记住这个Ge
eID!其他像NP_009684当然是基因编码的蛋白质的登录号啦,不说了。我们在文献中查到的基因往往给的是Ge
eID三.引物设计第一步找编码序列的方法在Search“Ge
e”时,for后面是852423,最终go到目的基因的信息
f点击
中的FASTA获得的就是mRNA的非模
板链(其实就是mRNA里的U换成了T),也可以说是CDNA的互补片段,因为与编码的蛋白质一一对应,所以也就是引物设计真正的模板!引物设计后面的PCR要克隆的就是这段序列!所以千万不要搞错了!点击GENBANK,获得的是CDS区的序列和相关信息,这个CDS区包括CDNA,也包括其他不编码的序列,所以PCR没必要把CDS区全部克隆出来!其实在CDS界面(或者说点击GENBANK后出现的界面里),把Display里的GENBANK(full)改成FASTA也可以!
其实在该界面中我们还可以了解到其他信息1点击refere
ceseque
cedetails,可以看到NP_0096841,点击他,可以看到目的蛋白质
的信息
2点击
获得的是目的基因的图谱,然后点击
TPS1后面的sv,也可以看到编码序列了,当然这里的DNA序列和蛋白质一一对应,更说明是设计引物的模板(这个图谱界面也可以在2的点击GENBANK后获得的CDSr
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