开始的核苷酸或者氨基酸序列的新文件，其中大于号后可以跟上序列的相关信息，其他无特殊要求。13ge
ba
k序列格式：是Ge
Ba
k数据库的基本信息单位，是最为广泛的生物信息学序列格式之一。该文件格式按域划分为4个部分：第一部分包含整个记录的信息（描述符）；第二部分包含注释，主要包含生物功能或数据库信息；第三部分是feature，对序列的注释；第四部分是序列本身，以“”结尾。14E
trez检索系统：是NCBI开发的核心检索系统，集成了NCBI的各种数据库，具有链接的数据库多，使用方便，能够进行交叉索引等特点，可以使用关键词如基因名字、物种名字及生物学功能检索等。
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f15BLOSUM矩阵：模块替代矩阵。矩阵中的每个位点的分值来自蛋白比对的局部块中的替代频率的观察。每个矩阵适合特定的进化距离。例如，在BLOSUM62矩阵中，比对的分值来自不超过62一致率的一组序16系统发生树（Phyloge
etictree）是研究生物进化和系统发育过程中的一种用树状分支图来概括各种生物之间亲缘关系，是一种亲缘分支分类方法。在树中，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，而节点间的线段长度对应演化距离（如估计的演化时间）。是用来研究物种进化与多样性的基础，是相近物种相关生物学数据的来源。17基因树与物种树：物种树反映一组物种进化历程的系统树，其中每一个内部节点就代表一个物种形成的过程，而基因树则是代表来源于不同物种的单个同源基因的差异构建的系统树，而其内部的一个节点则代表一个祖先基因分化为两个新的独特的基因序列的事件。基因复制事件可能发生在物种形成之前或之后，造成基因树与物种树拓扑结构存在差异的（来自两个物种的两个基因的分化可能发生在物种形成事件之前）。18有根树：包含一唯一的节点，将其作为树中所有物种的共同祖先，并且这一节点到其他节点的路径也是唯一的，最常用的确定树根的方法就是利用分子钟理论。在相同序列数条件下，有根树的可能的形式要多于无根树，这就有根树出错的概率明显高于无根树；无根树：找不到代表祖先树根的唯一节点的系统树。无根树只能确定之间的亲缘关系的远近，在相同序列数条件下，可能的构树形式相对有根树要少，并且无根树是没有方向的，其中线段的两个演化方向都有可能。19分子钟：认为在进化过程中物种间分子进化速率是恒定的或者几乎不变的假说，即蛋白序列间的氨基酸替换数正比于序列间的分歧世代数。意义：利用蛋白质序列的恒定的进化速率，可以推算不同物种序列发生分化的时间r