资金实时清算的模式，而有些地区同城票据清算系统与各商业银行会计核算系统在应用程序上是两个独立的清算系统，实行“同城多次交换，差额资金日终清算”的模式，金融机构在人行是否透支，必须在当日17点后进行票据清分时才能发现，而此时票据已交换入账，一旦出现日间透支金融机构在人行存款就会出现赤字，不但给人行会计工作带来平账困难，更对人民银行资金带来严重隐患。
二、行内系统的重复建设
各商业银行资金汇划体系重复建设，资源不能共享，造成社会资源的浪费，影响商业银行集约化经营方向。在大额支付系统推广前各商业银行均建设自己的行内资金汇划清算体系统，大额支付系统推广使用后，因本行资金汇划体系统已建设且使用行内汇划资金不需缴纳相关的费用，而个别地区人民银行为减轻支付系统的运行压力，也不允许行内汇划业务通过支付系统办理，造成各行资金汇划体系的重复建设。
三、信息反馈渠道不畅
信息的沟通反馈渠道不畅，制约了支付系统效能的进一步发挥。人民银行作为支付系统的维护者和管理者没有建立一套完善的信息沟通机制，不能及时掌握和了解各金融机构在支付系统的运行和维护以及风险防范等方面出现的问题，不便于人民银行加强金融监管力度和维护支付清算系统的稳定运行。
四、系统建设与价格制定分离
人民银行作为支付清算系统的建设者和维护者，在系统建设的同时应将相应的收费标准同时建立执行，而作为支付系统辅助系统的支票影像交换系统自2006年上线推广使用以来一直未制定相应的服务价格。各商业银行在受理支票影像交换业务时，除了要研发相应的系统接口、还要进行票据影像的扫描以及实物票据的传递，所耗费的开发费、人工费、设备费用相对较高，但人民银行的收费标准中除工本费和06元的手续费外，没有相应的标准收取其他费用，造成该业务的成本偏高，从而影响了该业务的发展。
随着金融市场的迅猛发展，支付清算系统承担的资金清算压力不断加大，支付清算系统的建设也就越显重要，现对加强支付清算体系建设的提出如下建议：
一强化人民银行参与支付清算体系的力度
随着市场经济的迅猛发展，支付清算体系在国民经济中的基础设施地位越来越明显，经济发展对支付清算系统的依赖性随之加大。人民银行作为支付清算的组织者、管理者和社会资金
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的最终清算者，在支付清算体系建设中人民银行应站在全局的角度，进行全盘考虑，科学、系统地研究支付清算体系与国民经济发展的关系，建设全r