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DNAStar中文使用说明书EditSeq打开已有序列我们从用苹果计算机打开“TETHIS21MA”和用Wi
dows打开“tethis21seq”开始。假设序列的末尾有载体序列污染。我们在用EditSeq打开序列的同时,用SetE
ds命令去除5’和3’污染序列。1、从文件菜单(FILEMENU),选择Ope
。2、打开文件夹“DemoSeque
ces”单击选定序列“TETHIS21”。3、单击位于对话框右下角的SetE
ds按钮。SetE
ds被打开(如图1)。4、在5’框和3’框中键入50和850,点击OK。单击Ope
打开序列。当EditSeq窗口打开时,序列长度显示在右上角。通过“setti
ge
ds”现在你只有最初序列中的801bp的片段。SetE
ds选择在全部Laserge
e应用程序中都可以使用。
图1
2
寻找开放读框在这入门的一部分中,我们将确定序列中最大的ORF,并翻译它。1、从SEARCHMENU找到ORF,点击打开会出现右边的对话框。2、单击Fi
dNext寻找第一个ORF的位置。3、继续点击Fi
dNext直到你把ORF的位置选定在位置183455。ORF的坐标会出现在EditSeq窗口的顶端附近。(如图23)
f图2
图3
DNA序列翻译这一节中我们介绍如何翻译我们的ORF,不过任何序列中的读框内部分都可以用下面的方法进行翻译。如果你的选择是在三联码的读框内,三联码指示棒显示为实心黑线(如图4)。
图4
如果你的选择是不在三联码的读框内,左边的箭头和右面的箭头显示向左或向右移动一个bp,以使所选序列成为三的倍数。1、选定ORF,从GOODIESMENU菜单中选择翻译(Tra
slate)。2、翻译的蛋白质序列出现在一个新的未命名窗口中(如图5)。它是使用标准的遗传密码翻译的。
图5
使用其它遗传密码根据你的序列的来源,你可以选择使用非标准的遗传密码进行翻译等操作。在这节中,我们将标准的遗传密码转换成CiliateMacro
uclear密码。1、从GOODIESMENU菜单选择Ge
eticCodes打开,子菜单显示如图62、单击“CiliateMacro
uclear”就实现了遗传密码的转换,EditSeq现在使用的就是CiliateMacro
uclear的遗传密码。
f3、同样可以将遗传密码转换为其它类型。
图6
遗传密码的编辑这一节中我们修改CiliateMacro
uclear的遗传密码。1、从GOODIESMENU菜单选择EditSelectedCode。这将打开右面的窗口,窗口显示遗传密码是怎样翻译DNA和RNA序列的。2、如以DNA形式展示密码,点击DNA按钮。(图7)3、编辑时,单击任何要编辑的密码,从其目前的位置拖到新氨基酸对应的位置则可。4、如使用不同的启始密码子,单击SetStarts按钮。第二的遗传密码窗就会被打开,可以进行起始密码子选择。5、单击任何氨基酸(r
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